分布式电磁阻垢系统基于电磁感应原理，在循环水管道外壁缠绕多级分布的励磁线圈，由主控系统控制特定变化的电信号，使励磁线圈在该信号控制下产生特异磁场。环水流经磁场，水中钙镁粒子、酸根离子等带电离子在磁场的作用下发生键位偏移，根据物理学的 polymorphism（同质多像）原理，使碳酸钙的晶体结构发生改变，从容易成硬垢的方解石晶体变成不易结合成垢的霰石（文石）晶体，从而达到阻垢除垢的目的。

同时，产生的特异磁场环境会使微生物表层酶失活，使得循环水系统菌藻等微生物的繁衍得到有效抑制。